瓊脂糖凝膠來源于一種海藻多糖瓊脂，是一種天然凝膠，不是共價交聯，所以氫鍵交聯的鍵能比較弱。它與葡聚糖不同，孔隙度是以改變瓊脂糖濃度而達到的。
凝膠的化學穩定性不如葡聚糖凝膠。凝膠沒有干膠，必須在溶脹狀態保存，除丙酮和乙醇外，凝膠遇脫水劑、冷凍劑和一些有機溶劑即被破壞。用凝膠進行分離操作的適宜工作條件是pH4.5-9、溫度0-40℃。凝膠對硼酸鹽有吸附作用，不能用硼酸緩沖液。
瓊脂糖凝膠是依靠糖鏈之間的次級鏈如氫鍵來維持網狀結構，網狀結構的疏密依靠瓊脂糖的濃度。一般情況下，它的結構是穩定的，可以在許多條件下使用（如水，pH4-9范圍內的鹽溶液）。凝膠在40℃以上開始融化，也不能高壓消毒，可用化學滅菌活處理。
凝膠顆粒的強度很低，操作時必須十分小心。另外，由于瓊脂糖顆粒彈性小，柱高引起的壓力能導致變形，造成流速降低甚至堵塞，所以裝柱時應設法對柱壓進行調整。
凝膠沒有帶電基團，所以對蛋白類物質的非特異性吸附力明顯小于葡聚糖凝膠。在介質離子濃度＞0.1mol/L時已不存在明顯吸附。
瓊脂糖凝膠的特征是能分離幾萬至幾千萬高分子量的物質，分離范圍隨著凝膠濃度上升而下降，顆粒強度卻隨濃度上升而提高，特別適用于核酸類、多糖類和蛋白類物質的分離，彌補了聚丙烯酰胺凝膠和葡聚糖凝膠的不足，擴大了應用范圍。
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